La presencia de los Agustinos en Sevilla fue constante desde finales del siglo XIII hasta la Desamortización de Mendizábal, en la primera mitad del siglo XIX. Durante este largo período de tiempo hubo en Sevilla dos conventos Agustinianos.
La primera fundación fue el convento de San Agustín. Posteriormente se creó el convento de San Acacio. El convento de San Agustín estaba situado cerca de la Puerta de Carmona, donde hoy se encuentra la Plaza de San Agustín. El convento de San Acacio se levantó en la calle Sierpes. Los restos de éste se hallan formando parte del actual edificio del Círculo de Labradores.
Ambos conventos dejaron de pertenecer a los Agustinos en 1835, como consecuencia de la Desamortización de Mendizábal, durante el reinado de Isabel II.
Desde 1835 a 1970 se abre un paréntesis de 135 años de ausencia de los Agustinos en Sevilla. Pero la tradición Agustiniana en esta ciudad reclamaba su regreso. Y así, en 1971 se decidió la restauración de la Orden.
Las obras del primer Colegio San Agustín, comenzaron el día 17 de Agosto de 1971 y terminaron el 11 de Octubre del mismo año. La edificación consistió en unos “barracones” prefabricados, situados en la zona denominada “Parque de las Naciones”. El Colegio empezó a funcionar el año escolar 71/72 y mantuvo su actividad hasta terminar el curso 75/76.
En el verano de 1976 se trasladó el Colegio a otro edificio, ya construido, en la barriada de “Santa Clara”. Las instalaciones docentes habían servido de Colegio para los hijos de los Norteamericanos que trabajaban en las bases conjuntas militares. Aquí comenzó a funcionar, desde el curso escolar 76/77 hasta nuestros días, un mismo colegio en dos edificaciones diferentes.
En la primavera del año 1996 sufrió una remodelación el edificio de Secundaria concluyendo las obras en el verano del mismo año. En el 2001 se remodeló el edificio de Primaria, con una ampliación en su parte Este quedando la configuración que actualmente ofrece.
En el verano del año 2018 el campo que se encuentra entre los laterales de los dos edificios fue remodelado y se construyó una cobertura del mismo de modo a garantizar la protección tanto del sol como de la lluvia a los alumnos del colegio en las horas de patio.
